汇总:GEO数据上传操作指南

　　汇总:GEO数据上传操作指南

　　研究人员发表论文时，如果文章涉及高通量测序数据分析，则需要提前将数据上传到NCBI以获得登录号。但是，如何将这些序列提交给NCBI？今天，我们将介绍一个重要的NCBI数据库GEO，可用于存储测序数据并实现资源共享。下面简单介绍一下GEO数据库的提交流程，希望能给大家一点帮助。

　　1. GEO数据上传操作方法

　　1. NCBI账户注册

　　在上传数据之前，需要 NCBI（） 帐户

　　如果该帐户已存在，您可以单击“登录”进行登录

　　直接，如果您还没有注册帐户，则需要单击“注册”进行注册并登录。

　　2. 使用您的GEO帐户注册并登录NCBI后，单击“提交”

　　向下滚动到“其他工具”，然后单击与GEO对应的“了解更多”以进入GEO。

　　NCBI帐户与GEO数据库提交帐户相关联

　　填写姓名、电话号码、电子邮件等基本信息（带*的必填信息）。

　　注意：电子邮件地址可能无法接收来自NCBI的邮件。请提供额外的电子邮件地址，以确保NCBI可以与您沟通。

　　注册成功后，您将收到一封 GEO 注册成功电子邮件。

　　注意：如果在GEO帐户的三个月内未上传数据，则会自动删除。

　　3. 数据上传导航

　　RNA-seq 选择高通量测序

　　要提交的数据：元数据电子表格可以直接在下面下载和填写

　　处理后的数据，即表达文件、基因

　　计数或基因 FPKM 文件、原创

数据文件，即.raw数据4。元数据电子表格表单填写 （1）研究主要包括实验的标题、概述、总体设计、合著者等

　　

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　　（2）样品：包括样品名称、样品详情、种种、细胞系、细胞类型、实验处理、单端和双端测序、测序机、原创

文件名等（目前采用Novo NovaSeq 6000测序仪标准项目采用配对端测序）。

　　处理后的数据文件主要是需要切换到文本txt格式的基因表达数据文件（readcount或FPKM）。原创

文件对应原创

数据原创

数据中压缩包的名称，以 FQ .gz结尾，因为它是两端排序，所以一个样本对应于 -1 和 -2 两端的数据。（3）PROTOCLS：样品加工方案、库建方案、类型、加工步骤、加工工艺中文件信息等

　　（4）配对端实验：用于双端测序的样品的FQ文件名

　　（5）MD5校验和

　　MD5，或消息摘要算法5，是当前计算机领域广泛使用的散列算法之一，用于保证信息传输的完整和一致性。

　　RAW FILES 是原创

数据，对应的文件 cheksum 可以直接在所有发布数据的 md5 .txt中查看。处理后的数据文件是结果文件中的表达式fpkm文件，需要转换为txt格式并上传，Windows计算机的文件Cheksum可以使用md5生成.exe（所有数据发布），具体操作如下。

　　5. 数据上传：将上述内容（表单和数据）的三个部分打包到一个文件夹中 注意：可接受的压缩格式是 gzip 和 bzip2（即以 .gz 或 .bz2 扩展名结尾的文件）。切勿压缩二进制文件（例如，BAM，bigWig，bigBed）或上传ZIP存档（扩展名为.zip的文件）。点击“上传您的提交”，跳转到数据上传界面

　　有两个步骤：第一步是下载FTP软件上传数据，第二步是通过电子邮件通知GEO。

　　上传路径：

　　上传的主机、账号和密码：

　　在“快速连接”

　　工具栏中输入主机（），用户名（geoftp）和密码（rebUzyi1）进行快速连接，您将看到“快速连接”错误，您可以忽略此错误。在远程站点地址栏中输入个性化工作区的路径（例如，我的路径是：/上传/zhaoyuhuan_8zOL842G）。然后，您可以通过将收录

所有已提交文件的文件夹从“本地站点”窗口拖放到右侧的上载空间（“远程站点”窗口）来传输文件。

　　此外，通过设置站点管理器

　　可以避免目标列表错误，步骤如下：（1）选择文件-站点管理器-常规-输入主机（），用户名（geoftp）和密码（rebUzyi1）。

　　（2） 选择文件 - 站点管理器 - 高级 - 选择需要上传数据的文件夹 - 数据库给出的远程站点

　　（3） 选择文件 - 站点管理器 - 传输设置 - 选择活动 - 单击连接

　　

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　　6. 邮件确认 传输完成后，点击通知GEO

　　通知GEO审核数据，GEO官方回复约5个工作日，在收到管理员邮件确认前不要参考GEO号码。

　　在框中输入上传文件路径，选择数据泄露时间（根据您的需求确定） 注：如果老师选择在3年后公开，以后想更改时间，可以去投稿界面，设置修改时间，或者直接反馈到GEO官网修改。2. GEO数据上传常见问题 1.FileZilla连接失败问题忽略错误，输入GEO在远端站点给出的上传路径，进入后将要上传的文件夹拖到右侧。

　　2.FTP上传数据报550错误请求操作未执行，文件不可用，可以尝试以下方法解决：（1）准备要传输的文件，不要打开和使用，很多人经常忘记关闭单个文件，同时将文件发送给其他人，这种文件在使用中无法传输;（2）文件的体积比较大，传输过程需要很长时间，网络不稳定，容易造成传输文件的中断，可以尝试将比较大的文件单独传输，也可以尝试将文件压缩成一定的卷，打包传输;（3）网络条件比较差，网络功能不强，文件传输困难，网络好了再传输;（4）计算机上的某些防病毒软件拦截文件，导致文件传输错误，可以尝试暂时关闭专用防病毒软件。3.FTP服务器连接失败主要分为以下四种情况： （1）连接被拒绝，错误消息如下：连接到-> DNS= IP=218.13.164.102 PORT=21 连接失败（连接被拒绝） 原因：这是因为客户在上传Ftp时填写了错误的FTP服务器，导致此问题。解决方案：FTP上传时填写服务器。

　　（2） FTP 用户登录失败 错误消息如下：

　　连接到 -> DNS= IP=211.155.224.184 端口=21 已连接（FTP 服务器连接成功）。

　　220 Serv-U FTP 服务器 v6.2 for WinSock 准备就绪...

　　用户测试

　　331 用户名没问题，需要密码。

　　通过

　　530 未登录。

　　原因：这是用户输入了错误的 FTP 服务器、FTP 用户名和/或 FTP 密码。解决方案：请检查您的FTP信息

　　（当您打开空间时，系统会将FTP信息发送到您的邮箱，您可以查看电子邮件）。如果您忘记了 FTP 密码。您可以在“用户中心---虚拟主机管理---控制面板”中重置FTP密码。

　　（3）用户本地网的问题，错误信息如下：

　　无法解析主机：

　　C：>平

　　Ping 请求找不到主机。请检查名称，然后重试。

　　原因：如果两种情况同时发生，则用户本地互联网访问的DNS有问题。

　　解决方案：请尝试使用其他 DNS。

　　（4）FTP服务器解析正常，FTP服务器连接超时，报错信息如下：

　　连接到 -> DNS=IP=203.171.239.16 端口=21 连接失败（连接超时）

　　）。

　　原因：网络有问题。

　　解决方案：再次尝试更换网络。

　　总结：目前最常见的FTP错误检查主要是检查FTP服务器，FTP用户名和/或FTP密码是否正确;在站点管理器中切换传输设置的主动和被动模式;“站点管理器常规”中的“加密”选项选择“仅使用普通 FTP（不安全）”。

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