解决方案:Python之Pylinac：Pylinac自动分析CBCT/CT质保时采集的C

　　解决方案:Python之Pylinac：Pylinac自动分析CBCT/CT质保时采集的C

　　Pylinac自动分析在CBCT/CT质量保证DICOM期间采集的CatPhon图像

　　1. 问题的背景

　　应一位医学朋友的要求，我研究了使用Python三方库Pylinac的DICOM文件，以自动分析CT输出并生成PNG图像和PDF报告。

　　这

　　笔者不知道DICOM文件的医学意义，本文旨在介绍Pylinac的使用，希望对不熟悉Python软件编程的医学朋友有所帮助。以下是CatPhan的简要概述，CatPhan是Pylinac库的模块之一。

　　CatPhan 模块自动分析在进行 CBCT 或 CT 质量保证时采集的 CatPhan 504、503 或 600 的 DICOM 图像。它可以加载图像所在的文件夹或zip文件，并自动更正平移和旋转错误。它可以分析HU区域和图像缩放（CTP404），高对比度线对（CTP528）以计算相应切片上的调制传递函数（MTF），HU均匀性（CTP486）和低对比度（CTP515）。

　　2. 环境安装 2.1 安装准备

　　1. pylinac_user_manual包装

　　笔者编制了一个名为pylinac_user_manual的压缩包，方便医学朋友直接进行实际操作。

　　pylinac_user_manual包链接：点按“获取pylinac_user_manual

　　获取压缩包后，可以将其解压到计算机上的任何位置，内容说明如下：

　　2. 计算机要求

　　2.2 安装 Python 下载 python 软件包，官网地址：，使用最新版本。 pylinac_user_manual 3.10.6版本已经下载到压缩包中，在安装路径下，注意根据您的计算机是32bit/64bit选择正确的安装包。

　　双击 python 安装包，注意必须勾选添加 Python 3.10 到 PATH（否则需要手动添加环境变量），点击立即安装，等待安装完成。

　　检查 Python 环境是否可用。打开cmd命令行，执行Python输入，如果出现下图所示的情况，则表示Python可以正常使用。按 Ctrl+Z 并回车退出。

　　2.3 安装 Pylinac 打开 cmd 命令行，执行 python -m pip install pylinac 命令，并在网络上自动安装 pylinac 及其依赖库。如果没有互联网连接，则需要下载相应版本的图的所有依赖库并手动安装它们。

　　

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　　双击pylinac_user_manual\catphan.py 脚本，如果分析图像和PDF报告正常弹出，则表示环境可用。

　　3. 附加说明 3.1 脚本 catphan.py 说明

　　使用记事本++等打开 catphan.py，每一行都有简短的注释，即以#开头。请注意以下几点：（

　　1）当前脚本要分析的CT文件默认存储在dicom文件夹中（当前文件夹是网上找到的案例），实际使用时可以替换为真实的CT文件;

　　（2）当前脚本的默认输出报告路径在报告文件夹下，PNG图片和PDF文件的默认输出为两种报表;

　　（3）分析函数传入的参数为官网典型值，笔者不熟悉具体医疗业务，请根据实际需求进行设置，参数说明请参考下方官网地址;

　　（4） 脚本中的路径和文件名可以根据需要修改。

　　# 导入os和pylinac三方库

import os

from pylinac import CatPhan504, CatPhan503, CatPhan600, CatPhan604

# 配置dicom文件路径：待分析文件在当前路径下的dicom文件夹

cbct_folder = os.path.join(os.getcwd(), "dicom")

# 配置report文件路径：输出报告在当前路径下的report文件夹

report_folder = os.path.join(os.getcwd(), "report")

# 实例化CatPhan504类

cbct = CatPhan504(cbct_folder)

# 分析DICOM文件（如下允许误差等参数为官网典型值）

<p>

" />

cbct.analyze(hu_tolerance=40,

scaling_tolerance=1,

thickness_tolerance=0.2,

low_contrast_tolerance=1,

cnr_threshold=15,

zip_after=False,

contrast_method="Michelson",

visibility_threshold=0.15)

# 打印分析文字结果到控制台

print(cbct.results())

# 弹框分析图像结果

cbct.plot_analyzed_image()

# 保存分析图像结果

cbct.save_analyzed_image(os.path.join(report_folder, "cbct.png"))

# 输出pdf报告到指定路径

cbct.publish_pdf(os.path.join(report_folder, "mycbct.pdf"), open_file=True)

</p>

　　3.2 官网参考说明

　　Pylinac三方库功能众多，具体使用文档请参考官网说明（）。上面提到的脚本、使用方法、参数说明均来自 CatPhan/CT 章节，建议阅读。

　　解决方案:什么是智能采集

　　智能采集

工具

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　　搜索引擎搜索引擎优化 （SEO） 入门指南。

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　　在他们的主题上值得信赖。

　　搜索引擎搜索质量评估指南

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　　- 搜索引擎，搜索引擎优化（SEO）入门指南

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