一键搞定高分文章里的装逼技能！超酷炫数据库，各种操作好用到哭！

　　一键搞定高分文章里的装逼技能！超酷炫数据库，各种操作好用到哭！

　　RNALocate使用教程

　　亲爱的小伙伴们，大家周三好！刚放完假又回到工作岗位搬砖的各位打工人辛苦了！在前面两期推文中，我们讨论了lncRNA亚细胞定位的问题，因为lncRNA的功能和作用的位置息息相关。那除了lncRNA之外的其他RNA分子，如circRNA，其实有着相同的规律。以此类推，miRNA呢？mRNA呢？既然我们说到了亚细胞定位的事情，那我们一鼓作气，把这些分子的定位问题一波搞定吧！基于此，今天为大家介绍一个可以查询多种RNA亚细胞定位的数据库----RNALocate数据库。

　　目前该数据库已更新到了2.0版本，网址为

　　使用数据库的时候大家也不要忘记引用参考文献哟~

　　RNALocate: a resource for RNA subcellular localizations. Nucleic Acids Research. 2017. 45(D1):D135-D138.

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　　一、RNALocate数据库基本介绍

　　RNALocate数据库由哈尔滨医科大学生物信息科学与技术研究团队开发完成，是一个提供RNA亚细胞定位的高效的处理、浏览和分析的资源库。RNALocate数据库最早于2015年5月发布第一个版本，以几乎每一两年一次的速度在更新，最近一次更新于2019年11月，掐指一算，今年应该也快要更新了，所以大家可以放心使用。

　　当前版本的RNALocate记录了超过190000个与RNA相关的亚细胞定位条目，并提供了实验和预测证据，综合了多个数据库的结果，涉及65个物种中超过105000个具有44种亚细胞定位的RNA，包括人，小鼠，酵母等。

　　说到44种亚细胞定位大家是不是稍微有点头皮发麻哈哈，但是不用担心，RNALocate数据库拥有对用户极其友好的交互界面，供用户查询、浏览并可视化这些亚细胞定位的详细信息。这也是我特别喜欢这个数据库的一个原因，以相对简单的操作内涵极其丰富的信息，严谨的作风中透露着一丝俏皮的可爱，让人爱不释手。

　　从下图中大家可以看到数据库收录的RNA类型与物种信息。当然这是数据库最开始的时候第一个版本收录的资料，现在数据库已经可以支持circRNA的检索啦~

　　二、RNALocate数据库功能介绍

　　输入网址，进入数据库主页面：

　　从上方菜单栏中大家可以看到数据库大致分为以下几个功能：Home（主页），Search（检索），Browse（浏览），Blast（比对），Submit（提交），Download&API（下载），Contact（联系）与Help（指南）。后面几个功能和之前介绍的其他数据库都大同小异，我们主要来康康前三个Search，Browse，Blast的功能：

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　　“Search”

　　点击“Search”进入检索页面。可以看到需要用户选择操作的仅两个地方：选择输入的Dataset的类型，输入对应的ID名称。RNALocate数据库可以提供五种类型的关键词输入，包括RNA Symbol（直接输入RNA的ID，如miRNA hsa-let-7b-3p），RNA的种类（如miRNA，lncRNA等），亚细胞定位（如细胞核，细胞质等），物种（如人，小鼠等）以及其他类型的ID（如miRBase ID或者Entrez ID等）。数据库同时支持模糊搜索的功能，勾选右侧Fuzzy Search Supported即可进行模糊搜索。此处我们以hsa-let-7b-3p为例，点击右侧“Search”：

　　页面刷新后如下图所示。检索结果以表格的形式呈现，从左往右依次为检索的miRNA的名称，检索分子所属类别，物种，在何种组织细胞中进行的检测，亚细胞定位在哪里，以及链接到具体内容的超链接。我们以第一条结果为例，点击右侧的“more”：

　　页面刷新后结果如下图所示。首先展示了该检索的分子的具体信息，包括RLID（由RNALocate数据库所赋予的ID），RNA Symbol，RNA Category（RNA的类型），Organism（所属物种），Aliase（别名），Sequence（点击可查看miRNA序列信息），Homology（其他物种中的同源miRNA）以及Network。

　　说到这个Network可就有意思了。RNALocate数据库借助Cytoscape网页工具对miRNA互作的一级分子或二级分子进行可视化，来展示分子之间的交互作用。

　　我们以First Nei*敏*感*词*our为例，点击“Show the network”：

　　需要注意的是，这里需要安装Flash插件才能查看。实在装不了就放弃吧。。。

　　回到之前的页面，继续下拉，可以看到数据库给出的亚细胞定位的结果。该miRNA可以通过二代测序的技术在血清中检测到，右侧列出了参考的文献PMID号以及原文中涉及到的相关描述：

　　页面继续下拉可以看到其他文献中用其他方法在其他细胞的其他亚细胞定位中也可检测到该miRNA。包括B细胞，脑组织，血浆等，检测方法包括芯片，原位*敏*感*词*，PCR等。同时点击右侧的PMID号也可查看相关文献：

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　　“Browse”

　　这个功能就比较有趣了。从主页下方及上方的选项中可以看出Browse功能主要包括三个方面：按定位（Localization）浏览，按物种（Oraganism）浏览，以及按RNA种类（RNA Category）浏览。

　　点击By Localization，跳转到如下界面：

　　刚刚说到RNALocate数据库提供了近44种亚细胞定位，多的简直猪猪挠头，那现在这些亚细胞定位的条目究竟有哪些就可以一目了然了吧~数据库搜集的亚细胞定位的条目均来自于GO数据库，点击左侧的条目或直接点击右侧图片中的方框框即可查看这些不同亚细胞定位中的RNA分子有哪些。换句话说，如果之前的检测结果中不明白亚细胞定位具体指的在哪里，也可以从这张图中略窥一二哟~

　　同理，点击By Organism或者By RNA Category可以分别从物种以及RNA类型出发进行浏览：

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　　“Blast”

　　我们来看看最后一个功能。点击“Blast”，进入如下页面：

　　Blast需要在选择参数之后进行，网站提供了两个用于Blast的数据库，包括miRNADB以及其他（包括mRNA，lncRNA，snoRNA）等。使用的时候要选择适当的数据库才能正常进行BLAST提交的序列。可惜的是目前该数据库的Blast功能暂不能使用，此处不再进一步演示。

　　好了，RNALocate数据库的使用我们就介绍到这里了。虽然在介绍的时候是以miRNA进行的举例说明，但是该数据库涵盖了各种非编码RNA，包括lncRNA，circRNA，亲测好用，大家快快纳入自己的后宫哟~

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　　撰文丨火 火排版丨四金兄值班 | 王美丽

　　主编丨小雪球

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