非靶代谢组原始数据上传保姆级教程

　　非靶代谢组原始数据上传保姆级教程

　　相信大家对于转录组和蛋白组的数据上传方法都不陌生,转录组数据一般上传到NCBI网站,蛋白组学数据一般共享在proteomexchange网站,那代谢组的原始数据呢?传到哪里?如何上传?有哪些注意事项?今天就来为大家一一揭晓。

　　非靶代谢组原始数据上传到哪里?

　　MetaboLights，简称为MTBLS,是EMBL-EBI数据库的子库，该库跨技术、跨物种，涵盖了代谢物的结构、生物学作用、位置、浓度、参考谱图以及来自代谢实验的检测数据，是重要的代谢组学实验和衍生信息的数据库（）。MetaboLights是众多优质期刊推荐的代谢组学资料库。

　　代谢组原始数据如何上传?

　　01注册账号并激活

　　登陆所填写的注册邮箱，点击邮箱中的链接，完成账户激活；

　　02上传数据

　　①点击页面右上角“Login”，输入注册的账号和密码，登录；

　　②登录之后点击SubmitStudy ，首次提交，选择“提交新研究数据”；

　　③点击“Createonline”选择“CreateNew Study”之后跳转的页面选择“Let’sget started”；

　　④有2种选择“现在上传原始数据”和“延后上传原始数据”，若选择现在就上传数据，请按照下图操作；

　　⑤系统会自动生成一个项目，并配有独有的项目号MTBLSxxxx及网址链接，建议大家记录下来，后期可以用于文章写作或进行数据查看,我们的注册邮箱也会同步收到一封邮件,其中包含有本项目的项目号及网址链接。随后点击“NEXT”；

　　⑥网站提供2种数据上传方式，AsperaUpload和PrivateFTP Upload，建议选择AsperaUpload，上传数据会更快；

　　⑦先点击installplugin下载并安装插件，再点击Uploadfile；

　　⑧弹出上传数据的选项框，选择要上传的数据，点击打开；

　　⑨然后系统默认会用IBM插件上传数据，如下图所示，上传完成后拉到页面最下方，点击绿色的next；

　　⑩填写studydescription信息，包含keywords、title、summary等，并且需要根据实际情况选择是否有manuscript；

　　⑪接下来进入上面流程图中的最后一步：填写sample& assaydetails，请根据项目实际情况如实填写，如果是POS和NEG模式都采集了，请分别选positive建立一个assay，再选择negative建立一个assay；

　　⑫填写完成后点击右上角“Massspectrometry”，填写Protocols、Experimentalcontrol names 、Samplenames、Sampledetails、Assaydetails共6项内容；

　　⑬Protocols包括样本收集、提取、色谱方法、质谱方法、数据转换、代谢物鉴定方法，请根据实际情况填写；

　　⑭填写实验对照样本及正式样本的名称，包含空白、QC、混样等；

　　⑮填写sampledetails里的内容，根据实际情况填写物种、样本类型等信息。如有其他factor，如性别、年龄、用药等，则可以根据实际情况点击factor增加列数；

　　⑯接下来补充，需要根据实际情况填写仪器类型、仪器型号、数据采集极性、扫描范围、样本对应原始数据、对应derived数据等信息，填写完成后，点击Next；

　　⑰进入Metaboliteannotation填写，有两种方式：可以选择upload上传系统能够自动识别的txt文件File:m_MTBLS4669_LC-MS_positive__metabolite_profiling_v2_maf.tsv，该文件可在本网页上download下来然后填写metabolitesidentification、massto charge（m/z）、retentiontime(RT)、Modification（adduct形式）、代谢物定量值等关键信息（该文件可通过EXCEL打开并进行编写）；也可以点击“compoundsearch”一个一个进行添加，但是比较麻烦；

　　⑱填写完后，点击“close”，再点击“Next”

　　⑲核对已填写的信息，确认无误后，根据项目是否完成选择“Submitted”或者“InCuration”，之后点击“OK”

　　⑳点击绿色的时间按钮，选择数据释放的时间，点击“OK”；

　　㉑最后，点击主界面右上方的“MyStudies”，即可查看先前上传的数据。

　　㉒在“Validation”后显示绿色的对号时，说明数据上传成功了。

　　有哪些注意事项?

　　使用Google浏览器；

　　每一步信息按实际情况填写，网页会自动保存，最后会再次确定论文的相关信息；

　　installplugin插件安装对网络状态要求较高，小迈尝试了多次才成功，若想节省时间，可“翻墙”进行后续操作；

　　数据上传如遇报错，可选择上午10点、11点左右上传，速度会更快；

　　后记

　　代谢组学上传数据就是这么简单，是不是感觉离文章发表又近了一步？

　　学会了就快来试试吧！

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