【干货】一文讲懂基因云一键分析

　　【干货】一文讲懂基因云一键分析

　　一文讲懂

　　基因云一键分析

　　Hello，大家好！

　　应大家迫切要求，我们转录组干货栏目又更新了！本期将为大家带来我们云平台重磅功能的介绍和使用：一键分析。

　　转录组云分析，又称云平台，是我们在2020年推出的一款线上分析平台。该产品经推出后凭借其“图表丰富、交互炫酷以及可以自由的删减样品、调整分组”等优势，获得了学术各界的一致好评。

　　而在近期，为了方便各位老师可以更简单快捷的实现分析目的，派森诺生物重磅推出了“小白”式一键分析功能。下面就给大家介绍下一键分析的使用方式以及其独特之处。

　　首先让我们看一下一键分析的主界面：

　　

　　主界面大体分为了三部分：

　　分析内容：在此可以选择想要分析的主要内容，表达分析、差异分析、富集分析等转录组常用的所有重点分析内容都可以选择，想分析哪一项只需在前面方框打“√”即可。

　　样品分组：增加分析样本、剔除离群样本、改变样本分组等内容都可以在此处进行调整。我们后续对此处内容做重要解读。

　　分析参数：分为分析方法、显著性检验、显著性水平以及差异倍数四部分。

　　分析方法分为DESeq、DESeq2和edgeR三部分。其中DESeq2必须有生物学重复才可以使用，标准分析中默认使用DESeq进行分析。

　　显著性检验和显著性水平即是我们常说的P值。此处可选择Pvalue和Padjust两部分，一般统计学中要求Pvalue小于0.05即可，若差异基因过多或者想筛选条件更严格一些也可选择Padjust小于0.05。

　　差异倍数是我们计算差异显著性所选定的一个阈值，若您的差异基因过多或过少，在满足P小于0.05的条件下可对该值进行调整（标准分析默认差异倍数为2倍）。

　　分析内容和分析参数比较一目了然，大家应该也都能理解怎么选择和设置。接下来我们重点讲一下样品分组如何设置：

　　第一步：

　　点击新建分组方案（下图左），就进入了分组设置主界面（下图右）。

　　

　　

　　第二步：

　　重新设置分组。

　　在该步骤中相当于我们把所有的样本都打乱了，每个样本都成了一个最基本的单元。大家可以将其理解为重新填分组表的过程，所以我们才可以实现增删样本以及调整分组等一系列操作。

　　我们以云平台示例项目为例，该项目默认分为A（A1、A2、A3）、B（B1、B2、B3）、C（C1、C2、C3）三组。为了一次性达到调整分组和增删样本的目的，我们对该项目9个样本重新做以下定义：

　　D组= A1、A2、A3

　　E组= C1、C2、C3

　　F组= B1、B2（剔除样本B3）

　　接下来进入具体操作界面：

　　

　　1）编辑分组方案名称（命名为NEW）。基于分组调整指的是在之前已经分析过的分组基础上进行调整。

　　2）添加分组名称。此处注意，编辑完组名之后一定要点“+”号，否则无法进入分组池进行样本分配。

　　3）单击样品池样品名称进行样品分配。若样品比较多也可以在样品池上方进行搜索。

　　三个分组重复以上步骤：

　　

　　此刻只剩下孤零零的一个B3样本还在样品池没有被选中，它也是本次分析中需要被剔除的样本，所以我们可以忽略它的心情，设置完点击确定就好。

　　细心的老师可能就发现问题了，既然是填写分组表，那么为什么没有填写两两比较组呢？这就来到了我们的第三步。

　　第三步：

　　创建比较方案。

　　重新点击新建分组方案（下图左），就进入到了创建比较方案主界面（下图右）。

　　

　　

　　1）首先我们也需要给比较方案进行命名。也可以和分组方案名称相同，此处为了加以区分，我们命名为NEW1。

　　2）基于方案调整。此处和上方分组方案差不多，如果之前有调整过比较组，也可以在之前的基础上重新进行调整。

　　

　　3）比较组设置。选定对照组D，处理组E，然后点击“+”号，就完成了一个D vs E比较组的设置。同理再进行D vs F比较组的设置，全部设置完成后点击右下角确认。

　　注：此处一定不要忘记点击“+”号，很多老师都是在这里忘记点击导致后续分析无法进行。

　　

　　此时，所有的分析都设置完了，来到了我们激动人心的时刻。将左侧分析内容全部勾选，分析参数按需调整，然后点击“提交分析”。

　　

　　我们就会得到一个分析记录号，刚提交的时候，一键分析的状态还是“等待中”。稍微片刻，分析状态就会变为“完成”，并生成对应的记录编号。

　　

　　每一个记录编号，都是一个超链接，我们以聚类分析为例，点击超链接就可以进入对应的分析结果界面。因为我们剔除掉了B3样本，所以此时聚类热图的样品数也变为了8个。

　　

　　好了，至此我们“一键分析”就介绍完了，是不是很简单。虽然操作简单，但是其实用性却是当之无愧的名列前茅，转录组经常用到的表达、差异和富集等重点分析内容都被收录在内，功能之强大可谓是一点都不简单。

　　一言以蔽之，“一键分析”真是“简单又不简单”！

　　

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　　上海派森诺生物科技*敏*感*词* 成立于2011年4月，是一家致力于为健康医学、生命科学等领域提供分子生物学技术服务及大数据挖掘与分析服务的高新技术企业。公司总部位于上海，设有多家全资子公司，并建立了完善的基因测序平台和大数据计算平台。具有完全自主研发的创新技术和成果，已取得授权及受理专利、软件著作权近250余项；合作项目论文多次发表在Nature、Lancet等生物科学、医学权威期刊。公司业务覆盖全国，远涉澳洲、欧洲和美洲，并在国内28个省市设立了办事处，与全球800多所高校、300多家医院及200多家科研机构建立了紧密合作关系。

　　派森诺生物作为微生物基因检测、基因大数据分析及体外诊断试剂开发的服务商，始终秉承“解析基因序列，诠释生命密码，改善人类生活”的企业使命，致力于为广大生命科学、医学工作者提供包括高通量基因测序、临床医学基因检测、生物信息学服务、生物云计算、分子生物学实验、DNA合成等科研及临床应用解决方案。