seq搜索引擎优化至少包括那几步?(：MicrosoftsualBasicWindows平台下使用的生物信息学分析工具)

　　seq搜索引擎优化至少包括那几步?(：MicrosoftsualBasicWindows平台下使用的生物信息学分析工具)

　　@3. com。邮件：ddou@njau。教育。cn. SeqHunter bioinformaticstoolbox localBlast 序列分析 YEWen2wu, WANG Yuan2chao, DOU Dao2long PlantPathology, 南京农业大学, 南京210095 摘要：SeqHunter, bioinformaticstoolbox, isualBasic Windows environment。工具箱可以使用localBlast，提取序列，构建序列数据库。强大的工具功能基因组学研究。关键词：SeqHunter；生物信息学；序列搜索软件包 然而，研究人员需要更多更快的生物信息学工具来分析和挖掘这些数据中的信息。@3. com。邮件：ddou@njau。教育。cn. SeqHunter bioinformaticstoolbox localBlast 序列分析 YEWen2wu, WANG Yuan2chao, DOU Dao2long PlantPathology, 南京农业大学, 南京210095 摘要：SeqHunter, bioinformaticstoolbox, isualBasic Windows environment。工具箱可以使用localBlast，提取序列，构建序列数据库。强大的工具功能基因组学研究。关键词：SeqHunter；生物信息学；序列搜索软件包 然而，研究人员需要更多更快的生物信息学工具来分析和挖掘这些数据中的信息。isualBasic Windows 环境。工具箱可以使用localBlast，提取序列，构建序列数据库。强大的工具功能基因组学研究。关键词：SeqHunter；生物信息学；序列搜索软件包 然而，研究人员需要更多更快的生物信息学工具来分析和挖掘这些数据中的信息。isualBasic Windows 环境。工具箱可以使用localBlast，提取序列，构建序列数据库。强大的工具功能基因组学研究。关键词：SeqHunter；生物信息学；序列搜索软件包 然而，研究人员需要更多更快的生物信息学工具来分析和挖掘这些数据中的信息。

　　目前国内的生物软件，特别是Windows平台下的生物软件非常有限，有些商业软件功能强大但价格昂贵。因此，开发一套实用且易于操作的生物信息学分析工具具有重要意义。以基因组数据分析和挖掘的基本需求为出发点，使用了微软isualBasic Windows平台下使用的生物信息学软件包Se2 qHunter。SeqHunter采用图形界面，集成了Blast等多种常用生物信息学程序，实现序列数据库的建立和管理、Blast（Basic Local A2 ligment Search Tool）的本地化、序列提取、比对和分析功能。SeqHunter 及其最新版本可通过作者免费获得。1SeqHunter界面设计 SeqHunter的开发思路和使用流程如图1所示。首先，用户需要建立自己的本地序列数据库并进行管理；然后他们可以使用未知序列去数据库进行Blast搜索，得到同源序列的信息，并根据这些信息从数据库中提取序列；最后，还需要对序列进行进一步的分析，如序列比对、序列反向互补、核酸统计和翻译等。 1 SeqHunter的开发思路和使用流程图 图流程图 SeqHunter 为了方便用户操作，SeqHunter采用根据使用的一般流程标签表单程序界面，

　　叶文武等：SeqHunter：用于序列搜索和分析的生物信息学软件包 2 SeqHunter 的用户界面 图用户界面 3 Blast 的两种输出格式示例：标准、列表 Blast 函数 SeqHunter 为用户提供了全面、便携的本地 Blast 函数，包括：数据库建立与管理、Blast搜索、从数据库中提取序列，从而避免了Blast通过网络速度慢、数据不保密、数据库定义不自由等一系列麻烦。用户只需选择目标文件和序列类型即可完成数据库的格式化；本地数据库列表一目了然，同时可以添加、编辑评论和删除不需要的数据库。爆搜为用户提供常用的参数设置，可直接粘贴序列或选择序列文件提交数据，提供Blast标准格式（lignment）、XML格式、列表格式等九种输出格式，用户可根据分析需要。比如Blast标准格式可以直观的查看比对情况，列表格式的信息可以直接导入EX2 XML，供高级用户根据需要编程读取所需信息。

　　序列提取功能，方便用户从海量序列数据中快速获取所需序列。此外，序列数统计功能的人性化设计，避免用户打开庞大的序列文件与SeqHunter进行多序列比对的接口集成了DOS环境下两个优秀的序列比对程序，Bl2seq和Muscle。bl2seq用于实现两个序列的比对，可以输出文本和Html两种格式。该格式类似于 Figure Blast 输出的标准格式。Muscle 在多序列比对的速度和准确性方*敏*感*词*有出色的表现。它可以输出三种格式，即对齐后的序列和Clustal格式。同时可以选择按序列输入顺序或序列相似度排序。3 序列的批量处理和分析 SeqHunter为用户提供了专门的序列处理和分析窗口，包括去除非序列符号、核酸统计、反向互补、核酸翻译、序列搜索、便捷的序列截取提示；值得一提的是，上面前三个函数都有批量处理多个Fasta序列的功能。

<p>去除非序列符号可以批量去除序列之间的回车符号、空格和“-”；核酸翻译可以快速得到核酸序列的6个翻译蛋白，并计算出每个蛋白所含的终止子数量，方便用户选择；可批量计算多个序列的核酸统计和反向互补，分别计算序列的G+C含量和反向互补；搜索功能可以查找指定字符的个数并提供出现的位置；界面右下角标签 显示当前位置和选择长度，方便用户获取序列的位置，选择需要的序列。3 SeqHunter编译原理 1 Dos版程序界面实现 SeqHunter数据库格式化、BLAST、序列提取、Bl2seq、Muscle均调用DOS版Blast win32、Muscle